I. HỘI ĐỒNG QUẢN LÝ QUỸ
Chủ tịch HĐ: Phó Chủ tịch UBND tỉnh
Phó Chủ tịch HĐ: Giám đốc Sở NN &PTNT
Thư ký Hội đồng là Giám đốc Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng tỉnh; các thành viên còn lại gồm: đại diện lãnh đạo Sở Tài Chính, đại diện lãnh đạo Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng tỉnh, Chủ tịch Công đoàn, Trưởng/Phó phòng các phòng ban chuyên môn, Trưởng ban Ban thanh tra nhân dân và Bí thư Chi đoàn thuộc Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng tỉnh Kon Tum.
II. BAN KIỂM SOÁT QUỸ
1. Ban Kiểm soát có 03 thành viên, giúp Hội đồng quản lý giám sát hoạt động của Ban điều hành. Ban kiểm soát hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm;
2. Trưởng ban Ban kiểm soát do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Hội đồng quản lý;
3. Các thành viên khác của Ban kiểm soát do Chủ tịch Hội đồng quản lý bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Trưởng ban Ban kiểm soát.
III. BAN ĐIỀU HÀNH QUỸ
Giám đốc: Hồ Thanh Hoàng
Phó Giám đốc: Lê Quang Thái
Phó Giám đốc: Vũ Văn Bắc
Kế toán trưởng: Nguyễn Thị Mộng Huyền
VI. CÁC PHÒNG BAN CỦA QUỸ
1. Phòng Tổ chức - Kế toán
2. Phòng Kế hoạch - Kỹ thuật
3. Phòng Hành chính